Berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Tengah Nomor 33 Tahun 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas PSDA Provinsi Jawa Tengah pada Dinas PSDA Provinsi Jawa Tengah.
Berdasarkan Peraturan Gubernur tersebut, pejabat struktural pada Balai PSDA Pemali Comal terdiri dari :
Pejabat Eselon IIIA : Kepala Balai PSDA
Pejabat Eselon IVA  :
– Kepala Sub Bagian Tata Usaha
– Kepala Seksi Operasi dan Pemeliharaan
– Kepala Seksi Pengendalian dan Pendayagunaan

Dalam rangka mengkoordinasikan kegiatan operasional di lapangan berdasarkan Keputusan Kepala Dinas PSDA Provinsi Jawa Tengah Nomor 061.1/200/2009 dibentuk Perwakilan Balai, yang meliputi :
1.    Perwakilan Balai Wil. Kabuyutan Cisanggarung
    Wilayah Kerja Sebagian Kab.Brebes
2.    Perwakilan Balai Wil. Pemali
    Wilayah Kerja Sebagian Kab.Brebes dan Kab.Tegal
3.    Perwakilan Balai Wil. Gung
    Wilayah Kerja Sebagian Kab.Tegal, Kota Tegal dan sebagian Pemalang
4.    Perwakilan Balai Wil. Comal
    Wilayah Kerja Sebagian Kab. Pemalang dan sebagian Kab.Pekalongan
5.    Perwakilan Balai Wil. Pekalongan
     Wilayah Kerja Sebagian Kab.Pekalongan, Sebagian Kota Pekalongan dan Batang.